renluyao
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NGScheckMates

# NGS Check mates

> Author: Ren Luyao
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> E-mail: 18110700050@fudan.edu.cn
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> Git: http://choppy.3steps.cn/renluyao/NGScheckMates.git
>
> Last Updates: 2019/02/08

```bash
source activate choppy
choppy install renluyao/NGScheckMates
```

# APP概述

NGScheckMates是用来检测某几个测序数据是否来自于同一个人，有以下几种应用场景：

（1）多组学研究，RNAseq和DNAseq是否是来自同一个人；

（2）被标注为配对的Tumor和Normal样本是否是来自同一个人；

（3）同一批样本，多次测序，其中有没有被标错的样本。

推荐直接用fastq模式，优点：如果有多种不同测序文件，比如一个项目中有WES和RNAseq，你要研究WES找到的候选突变是否影响了基因表达量的改变，你需要检查WES和RNAseq的数据是否来自同一个人，以确保分析结果的正确性。直接用fastq模式可以不用单独对RNAseq call germline mutation，以节省时间。这一步将单独运行一个脚本。

基于fastq文件检查样本的配对情况的原理是：他们首先从dbSNP数据库中选择了21067个位于外显子上的SNP用于预测样本配对。对于不用比对的fastq模式，他们在参考基因组中寻找了可以与参考基因组完全匹配的21bp长度的k-mer，位于这些k-mer上的SNP只剩下了11696个。然后用k-mer扫描fastq文件，计算每个SNP的VAF，再根据多个SNP的VAF计算样本间两两的相关性判断两个样本是否来源于一个人。

![](./picture/NGSMateCheck.png)

# 流程与参数

- Required arguments

  `-l` 	需要检测的fastq或者fastq.gz文件的表格，格式如下：

  ```bash
  FASTQ_FILE1 (tab) FASTQ_FILE2 (tab) SAMPLE_NAME (\n)
  Example:
  /data/LSJ_R1.fastq	    /data/LSJ_R2.fastq      LSJ
  /data/LSH_R1.fastq	    /data/LSH_R2.fastq	   LSH
  ```

  `-pt` 是一个包含SNP位点的二进制文件，这些位点可以用与样本的配对检查，在下载包中，路径为`SNP/SNP.pt`

  `-O` 输出文件夹

- Optional arguments

  `-N` 输出文件夹的前缀，default：“output”

  `-f` 当你的样本中有父母与孩子或者兄弟姐妹时，加上这个参数，使用更严格的VAF相关系数的阈值

  `-nz` Use the mean of non-zero depths across the SNPs as reference depth, default: Use the mean depth across all the SNPs


  `-s`  The read subsampling rate, default: 1.0 

  `-d` The target depth for read subsampling. NGSCheckMate calculates a subsampling rate based on this target depth.

  `-R` The length of the genomic region with read mapping (default: 3x10^9) used to compute subsampling rate. If your data is NOT human WGS and you use the -d option, it is highly recommended that specify this value. For instance, if your data is human RNA-seq, the genomic length with read mapping is ~3% of the human genome (1x10^8)

  注意：如果你的fastq文件特别大，它的计算会特别慢，三个参数的使用可以通过subsampling的方法加快运算速度，文献中报道只要0.5X深度的数据就能有很好的预测效果，有两种选择：

- 只使用 -s ，意思是fastq原始文件的百分之多少，如果你的fastq文件太大，运算速度很比较慢，可以使用其中一部分数据运算，不会影响运算结果，比如，30%就是`-s 0.3`
- 需要通过使用-d 和-R


  `-L` The length of the flanking sequence of the SNPs, default: 21bp. It is not recommended that you change this value unless you create your own pattern file (.pt) with a different length.

  `-p` 线程数，default：1

# APP输入变量与输入文件

（1）准备样本文件

```bash
choppy samples NGScheckMates --output samples
```

samples文件中输入是

- fastq_dir

  fastq文件的地址，阿里云上的地址；如果需要使用多个项目的fastq文件，输入两个项目文件夹的上一级共同目录

- Input_file

  一个txt文件，需要进行计算的文件的详细文件名，文件的地址按照要求修改

  ```bash
  #read1 #read2 #sample_name
  /cromwell_inputs/*/directory_name/read1.fastq.gz	/cromwell_inputs/*/directory_name/read2.fastq.gz	sample_name
  ```

# APP输出结果


# 结果展示与解读