Bläddra i källkod

for loop

master
LUYAO REN 4 år sedan
förälder
incheckning
7989abc4da
1 ändrade filer med 4 tillägg och 2 borttagningar
  1. +4
    -2
      tasks/getBam.wdl

+ 4
- 2
tasks/getBam.wdl Visa fil

@@ -8,9 +8,11 @@ task getBam {
String disk_size
command <<<
cat ${region} | whlie read a; do
cat ${region} | whlie read a
do
/opt/conda/bin/samtools view -b ${bam} "$a" > $a.${sample}.bam
/opt/conda/bin/samtools index $a.${sample}.bam; done
/opt/conda/bin/samtools index $a.${sample}.bam
done
>>>

runtime {

Laddar…
Avbryt
Spara