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samtools command line

master
LUYAO REN 4年前
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61647143e7
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      tasks/getBam.wdl

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tasks/getBam.wdl ファイルの表示

String disk_size String disk_size
command <<< command <<<
/opt/conda/bin/samtools view -b ${bam} ${sep=" " pos} | opt/conda/bin/samtools sort - > ${sample}.bam
/opt/conda/bin/samtools view -b ${bam} ${sep=" " pos} | /opt/conda/bin/samtools sort - > ${sample}.bam
/opt/conda/bin/samtools index ${sample}.bam /opt/conda/bin/samtools index ${sample}.bam
>>> >>>



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