Du kan inte välja fler än 25 ämnen Ämnen måste starta med en bokstav eller siffra, kan innehålla bindestreck ('-') och vara max 35 tecken långa.

CallableLoci.wdl 792B

6 år sedan
12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243444546
  1. task CallableLoci {
  2. File bam
  3. File bam_index
  4. File ref_dir
  5. String fasta
  6. String sample
  7. String docker
  8. String disk_size
  9. String cluster_config
  10. command <<<
  11. set -o pipefail
  12. set -e
  13. java -jar GenomeAnalysisTK.jar \
  14. -T CallableLoci \
  15. -R ${ref_dir}/${fasta} \
  16. -I ${bam} \
  17. --maxDepth 300 \
  18. --maxFractionOfReadsWithLowMAPQ 0.1 \
  19. --maxLowMAPQ 1 \
  20. --minBaseQuality 20 \
  21. --minMappingQuality 20 \
  22. --minDepth 10 \
  23. --minDepthForLowMAPQ 10 \
  24. -summary ${sample}_table.txt \
  25. -o ${sample}_callable_status.bed
  26. >>>
  27. runtime {
  28. docker:docker
  29. cluster:cluster_config
  30. systemDisk: "cloud_ssd 40"
  31. dataDisk: "cloud_ssd " + disk_size + " /cromwell_root/"
  32. }
  33. output {
  34. File summary = "${sample}_table.txt"
  35. File bed = "${sample}_callable_status.bed"
  36. }
  37. }