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-## minfi分析Illumina 850K(EPIC)
+#Illumina 850K(EPIC)分析APP
 
-#APP介绍
+## 安装指南
 
-###甲基化原理简述
+`#激活choppy环境`
+
+`'#sourse activate choppy'`
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+`#安装APP`
+
+`choppy install XXXX`
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+### APP介绍
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+#### 甲基化原理简述
 
 Illumina 850K甲基化芯片可同时检测>850,000个位点，覆盖>95%的CpG岛，99%的RefSeq基因，已经成为精准医学研究的重要方法之一。
 
 850K芯片采用了两种探针Infinium Ⅰ 和Infinium Ⅱ对样品甲基化进行测定，Infinium I采用了两种bead（甲基化M和非甲基化U，如图显示），而II只有一种bead（即甲基化和非甲基化在一起），这也导致了它们在后续荧光探测的不同，而根据不同探针的bead的荧光值，就可以得到样品各个位点上的甲基化水平。
 
-###APP简介
+#### ![](./picture/WechatIMG912.png)
+
+对于位点甲基化水平的定量测量通常使用两种指标：β值和M值
+
+β值：![image-20200505115203926](./picture/WechatIMG913.png)
+
+（其中M代表甲基化信号，U代表非甲基化信号）
+
+M值：![image-20200505115257465](./picture/WechatIMG914.png)
+
+β值是最常用的甲基化水平的定量方式，可以直观地了解不同位点的甲基化水平；而M值具有更好的统计学特性，更适用于对样品数据的统计分析。
+
+#### APP简介
 
 为了更好更便捷的分析全基因组甲基化数据，我们选用了分析850K芯片的R包——minfi包，构建了分析pipeline，可以得到全基因组的各个位点甲基化表达谱。
 
-#流程和参数
+### 流程和参数
 
 #### 850K array分析流程
 
-#输入和输出
+![`image-20200505121440688`](./picture/WechatIMG915.png)
 
-###输入
+本APP将EPIC芯片的原始数据读入后，过滤了p<0.05的列和p<0.01的行后使用Funnorm方法对数据进行归一化，再过滤其中的SNP位点和性染色体位点，最终得到四张表格（详见输出部分）
+
+### 使用方法
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+按照上述步骤安装成功之后，就可以通过下面的命令使用APP
+
+`$ Rscript EPIC.modified.R -p xxx -i xxx `
+
+具体参数要求见输入模块
+
+### 输入和输出
+
+#### 输入
 
 需要一个文件夹，其中包含：
 
 
 ▪   sample_sheet文件：样本的注释信息文件，命名为“sample_sheet.csv”，其中包含Sample_Name，Sentrix_ID, Sentrix_Position, Sample_Group等注释信息
 
-###输出
+#### 输出
+
+任务完成结束后，便可以在阿里云相应的OSS端生成相应的文件，该输出包含四张含有所有样本M值和beta值的表格（行名为各位点标号，列名为各样本名）。
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+▪ raw.mVal.txt（原始数据（文件读入后直接得到）的M值）
+
+▪ raw.bVal.txt（原始数据的β值）
+
+▪ filter.p.sex.snp.mVal.txt（过滤和归一化（过滤了低质量位点、SNP位点和性染色体位点，使用Funnorm进行归一化）后数据的M值）
 
-在850K芯片的分析中，beta 值是最常用的甲基化水平的定量方式，其主要用于差异分析。
+**▪** filter.p.sex.snp.bVal.txt（过滤和归一化后数据的β值）