Kaynağa Gözat

添加 'tasks/bcftools.wdl'

master
meng 2 yıl önce
ebeveyn
işleme
70d4c824b9
1 değiştirilmiş dosya ile 31 ekleme ve 0 silme
  1. +31
    -0
      tasks/bcftools.wdl

+ 31
- 0
tasks/bcftools.wdl Dosyayı Görüntüle

@@ -0,0 +1,31 @@
task bcftools {
File ref_dir
String fasta
File vcf
String basename = basename(vcf,".vcf")
String docker
String cluster_config
String disk_size

command <<<
set -o pipefail
set -e
nt=$(nproc)
# bcftools norm -m -both ${vcf} | bcftools norm -f ${ref_dir}/${fasta} -Ov -o ${basename}.norm.vcf
# Split multiallelic sites
bcftools norm -m -both ${vcf} -o ${basename}.norm.vcf
>>>
runtime {
docker: docker
cluster: cluster_config
systemDisk: "cloud_ssd 40"
dataDisk: "cloud_ssd " + disk_size + " /cromwell_root/"
}
output {
File norm_vcf = "${basename}.norm.vcf"
}
}

Yükleniyor…
İptal
Kaydet