@@ -23,8 +23,9 @@ task strelka_calling{ | |||
--normalBam ${normal_bam} \ | |||
--tumorBam ${tumor_bam} \ | |||
--referenceFasta ${ref_dir}/${ref_fasta} \ | |||
--callRegions ${ref_dir}/${ref_bed} \ | |||
--runDir ${out_dir} | |||
#--callRegions ${ref_dir}/${ref_bed} \ | |||
ls ${out_dir} | |||