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tasks/fastp.wdl
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| @@ -28,6 +28,8 @@ task fastp { | |||
| String out2_name = sample_id+'_clean_2.fastq' | |||
| command <<< | |||
| set -o pipefail | |||
| set -exo | |||
| # basic command | |||
| /opt/conda/bin/fastp \ | |||
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