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TNScope_and_Stralka
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TNScope_and_Stralka/defaults

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  1.     {

  2.         "Seq_platform":"Illumina",

  3.         "ref_fasta":"GRCh38.d1.vd1.fa",

  4.         "ref_fasta_dir":"oss://hcc1395/reference_genome/GRCh38.d1.vd1/",

  5.         "docker_fastp":"registry-vpc.cn-shanghai.aliyuncs.com/easygene/fastp:v0.20.1_cv1",

  6. 		"docker_sentieon":"registry-vpc.cn-shanghai.aliyuncs.com/hcc1395_aliyun/sentieon-genomics:v202112.05",

  7.         "docker_qualimap":"registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/hcc1395_aliyun/qualimap:2.0.0",

  8.         "docker_manta":"registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/hcc1395_aliyun/manta:v1.6.0",

  9.         "docker_strelka":"registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/hcc1395_aliyun/strelka:v2.9.10",

  10.         "SENTIEON_LICENSE":"172.25.2.5:8990",

  11.         "cluster_config":"OnDemand bcs.es.c.8xlarge img-ubuntu-vpc",

  12.         "disk_size":"500",

  13.         "fastqc":false,

  14.         "annot_gff":"oss://hcc1395/reference_genome/gencode.v36.annotation.gff",

  15.         "dbsnp_dir":"oss://hcc1395/reference_genome/GRCh38.d1.vd1/",

  16.         "dbmills_dir":"oss://hcc1395/reference_genome/GRCh38.d1.vd1/",

  17.         "dbsnp":"dbsnp_146.hg38.vcf",

  18.         "db_mills":"Mills_and_1000G_gold_standard.indels.hg38.vcf",

  19.         "bamqc":true,

  20.         "germline_resource":"oss://hcc1395/reference_genome/gnomAD/af-only-gnomad.v3.1.1.vcf.gz",

  21.         "germline_resource_tbi":"oss://hcc1395/reference_genome/gnomAD/af-only-gnomad.v3.1.1.vcf.gz.tbi",

  22.         "annovar_database":"oss://hcc1395/reference_genome/annovar/",

  23.         "docker_bcftools":"registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/hcc1395_aliyun/delly:1.1.6",

  24.         "docker_annovar":"registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/hcc1395_aliyun/annovar:v20191024",

  25.         "Annovar":true,

  26. 		"regions":"",

  27.         "baseline":"oss://hcc1395/reference_genome/MSIsensor/hg38_reference.list_baseline",

  28.         "docker_MSIsensor":"registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/hcc1395_aliyun/msisensor-pro:1.2.0",

  29.         "hg38_CDS":"oss://hcc1395/reference_genome/TMB_dir/genecode.v36.CDS_merged.bed",

  30.         "docker_tmb":"registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/hcc1395_aliyun/tmb:1.1.0",

  31.         "AF_filter":true

  32. 

  33.     }