更新 'tasks/manta.wdl'

tasks/manta.wdl

@@ -4,6 +4,7 @@ task manta_calling{
     File normal_bam
     File normal_bam_bai
     String ref_fasta
+    String ref_bed
     File ref_dir
     String sample_id
     
@@ -24,6 +25,7 @@ task manta_calling{
     /home/biosoft/manta-1.6.0.centos6_x86_64/bin/configManta.py \
     $INPUT \
     --referenceFasta ${ref_dir}/${ref_fasta} \
+    --callRegions ${ref_dir}/${ref_bed} \
     --runDir ${out_dir}
     
     ls ${out_dir}