使用fastp对fastq文件进行质控, 使用fastqscreen对污染源进行检测
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  1. import "./tasks/fastp.wdl" as fastp
  2. import "./tasks/fastqscreen.wdl" as fastqscreen
  3. workflow {{ project_name }} {
  4. File in1
  5. File in2
  6. String sample_id
  7. File screen_ref_dir
  8. File fastq_screen_conf
  9. String docker_fastp
  10. String docker_fastqscreen
  11. String cluster_config
  12. String disk_size
  13. call fastp.fastp as fastp{
  14. input:
  15. in1=in1,
  16. in2=in2,
  17. sample_id=sample_id,
  18. docker=docker_fastp,
  19. cluster_config=cluster_config,
  20. disk_size=disk_size
  21. }
  22. call fastqscreen.fastq_screen as fastq_screen{
  23. input:
  24. read1=in1,
  25. read2=in2,
  26. sample=sample_id,
  27. docker=docker_fastqscreen,
  28. cluster_config=cluster_config,
  29. screen_ref_dir = screen_ref_dir,
  30. fastq_screen_conf = fastq_screen_conf,
  31. disk_size=disk_size
  32. }
  33. }