ref_dir=ref_fasta_dir, | ref_dir=ref_fasta_dir, | ||||
fasta=ref_fasta, | fasta=ref_fasta, | ||||
ref_flat=ref_flat, | ref_flat=ref_flat, | ||||
hrd=HRD.hrd, | |||||
tumor_bam=tumor_bam, | tumor_bam=tumor_bam, | ||||
tumor_bam_index=tumor_bam_bai, | tumor_bam_index=tumor_bam_bai, | ||||
normal_bam=normal_bam, | normal_bam=normal_bam, |