更新 'tasks/BQSR.wdl'

tasks/BQSR.wdl

@@ -25,15 +25,9 @@ task Sentieon_BQSR{
         
         nt=$(nproc)
 
-        if [${regions}];then
-            INTERVAL="--interval ${regions} --interval_padding ${interval_padding}"
-        else
-            INTERVAL=""
-        fi
 
         sentieon driver -t $nt \
         -r ${ref_dir}/${ref_fasta} -i ${deduped_bam} \
-        $INTERVAL \
         --algo QualCal \
         -k ${dbsnp_dir}/${dbsnp} -k ${dbmills_dir}/${db_mills} \
         ${sample_id}_recal_data.table