Zhihui
4 yıl önce
3 değiştirilmiş dosya ile 6 ekleme ve 6 silme
BIN
.DS_Store
Dosyayı Görüntüle
+ 3
- 3
tasks/qualimapBAMqc.wdl
Dosyayı Görüntüle
| @@ -9,8 +9,8 @@ task qualimapBAMqc { | |||
| set -o pipefail | |||
| set -e | |||
| nt=$(nproc) | |||
| /opt/qualimap/qualimap bamqc -bam ${bam} -outformat PDF:HTML -nt $nt -outdir ${bamname}_bamqc --java-mem-size=32G | |||
| tar -zcvf ${bamname}.zip ${bamname}_bamqc | |||
| /opt/qualimap/qualimap bamqc -bam ${bam} -outformat PDF:HTML -nt $nt -outdir ${bamname} --java-mem-size=32G | |||
| tar -zcvf ${bamname}_bamqc_qualimap.zip ${bamname} | |||
| >>> | |||
| @@ -22,7 +22,7 @@ task qualimapBAMqc { | |||
| } | |||
| output { | |||
| File bamqc_zip = "${bamname}.zip" | |||
| File bamqc_zip = "${bamname}_bamqc_qualimap.zip" | |||
| } | |||
| } | |||
+ 3
- 3
tasks/qualimapRNAseq.wdl
Dosyayı Görüntüle
| @@ -10,8 +10,8 @@ task qualimapRNAseq { | |||
| set -o pipefail | |||
| set -e | |||
| nt=$(nproc) | |||
| /opt/qualimap/qualimap rnaseq -bam ${bam} -outformat HTML -outdir ${bamname}_RNAseq -gtf ${gtf} -pe --java-mem-size=10G | |||
| tar -zcvf ${bamname}.zip ${bamname}_RNAseq | |||
| /opt/qualimap/qualimap rnaseq -bam ${bam} -outformat HTML -outdir ${bamname} -gtf ${gtf} -pe --java-mem-size=10G | |||
| tar -zcvf ${bamname}_RNAseq_qualimap.zip ${bamname} | |||
| >>> | |||
| @@ -23,7 +23,7 @@ task qualimapRNAseq { | |||
| } | |||
| output { | |||
| File rnaseq_zip = "${bamname}.zip" | |||
| File rnaseq_zip = "${bamname}_RNAseq_qualimap.zip" | |||
| } | |||
| } | |||
Yükleniyor…