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readme.md

+> Author : Zhihui Li
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+> E-mail：[18210700119@fudan.edu.cn](mailto:18210700119@fudan.edu.cn)
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+> Git: <http://choppy.3steps.cn/lizhihui/fastqc.git>
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+> Last Updates: 28/08/2019
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+## 简介
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+FastQC是一款常用的二代测序数据质量评估软件，该软件使用Java编写，可以快速多线程地对测序数据进行质量评估。并最终生成一份评估报告，包含多项内容，如测序reads碱基质量、GC含量、reads长度、k-mer分布等信息，以便我们快速得知测序数据质量。`fastqc`是用于 [Choppy-pipe](http://choppy.3steps.cn/) 系统使用的 APP。
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+## 快速安装及使用
+
+#### Requirements
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+- Python 3
+- [choppy](http://choppy.3steps.cn/)
+- Ali-Cloud
+
+在终端中输入以下命令即可快速安装本APP。
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+```bash
+1.安装
+$ source activate choppy-py3
+$ choppy install lizhihui/fastqc
+$ choppy apps
+2.使用
+$ choppy samples fastqc-latest --out Projectname_fastqc_date_people.csv
+$ choppy batch fastqc-latest Projectname_fastqc_date_people.csv --project-name Projectname_fastqc_date_people
+```
+
+## 使用方法
+
+### 任务的准备
+
+按照上述步骤安装成功之后，可以通过下面简单的命令即可使用APP：
+
+```bash
+# Generate samples file
+$ choppy samples fastqc-latest --out Projectname_fastqc_date_people.csv
+```
+
+`Projectname_fastqc_date_people.csv` 包含以下几个需要填写的参数：
+
+- 文件中必须包含的列为：
+  - sample_id：样本名称，该名称将自动作为生成结果文件的前缀名
+  - read1：原始FASTQ文件所在的OSS路径（仅R1）
+  - read2：原始FASTQ文件所在的OSS路径（仅R2）
+
+```bash
+read1,read2,sample_id
+# read1  		双端测序数据的R1端在阿里云上的路径信息
+# read2  		双端测序数据的R2端在阿里云上的路径信息
+# sample_id		每个样本任务的识别码。注意：同一个samples文件中，不同样本的ID应该不同
+```
+
+### 任务提交
+
+在配置好`Projectname_fastqc_date_people.csv` 文件后，使用以下命令可以提交计算任务：
+
+```bash
+$ choppy batch fastqc-latest Projectname_fastqc_date_people.csv --project-name Projectname_fastqc_date_people
+```
+
+提交成功后，即可在工作目录下找到生成的目录名为Projectname_fastqc_date_people，里面包含了本次提交任务的二代数据质量评估结果。
+
+### 任务输出
+
+任务成功结束后，便可以在阿里云相应的OSS端生成相应的结果文件。包括二代数据质量评估结果的`html`、`zip`文件。
+
+## APP流程概述
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+​    FastQC软件使用Java编写，可以快速多线程地对测序数据进行质量评估。并最终生成一份评估报告，包含多项内容，如测序reads碱基质量、GC含量、reads长度、k-mer分布等信息，以便我们快速得知测序数据质量。
+
+
+
+## 输出文件说明
+
+运行APP后，
+
+每个sample对应一个文件夹，内部结构如下：
+
+- call-fastq_screen
+		- shard-0
+		- <sample_id> _R1_fastqc.html
+  - <sample_id> _R1_fastqc.zip
+		
+	
+		- shard-1
+		- <sample_id> _R2_fastqc.html
+	- <sample_id> _R2_fastqc.zip
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+## 软件版本及参数
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+###软件版本
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+fastqc: v0.11.5
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+
+### 使用参数
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+1.disk_size: 150
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+2.cluster_config: OnDemand bcs.a2.large img-ubuntu-vpc
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+## 参考文献
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+[1]FastQ Screen: A tool for multi-genome mapping and quality control
+[2]http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/Help/
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