更新 'tasks/prepareaa.wdl' · 6c3777f90f - Choppy for Reproducible Omics Pipeline

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															    set -o pipefail
															
															    set -o pipefail
														
															    set -e  
															
															    set -e  
														
															    /home/programs/PrepareAA-master/PrepareAA.py -s ${sample_name} -t 15 --cnvkit_dir /home/programs/cnvkit.py --sorted_bam ${dedup_bam} --run_AA --ref GRCh38 -o /home/output
															
															    /home/programs/PrepareAA-master/PrepareAA.py -s ${sample_name} -t 15 --cnvkit_dir /home/programs/cnvkit.py --sorted_bam ${dedup_bam} --run_AA --ref GRCh38 -o /home/output
														
															    }
															
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