linzipeng
6 年前
共有 1 个文件被更改，包括 1 次插入 和 2 次删除
+ 1
- 2
tasks/Dedup.wdl
查看文件
| set -e | set -e | ||||
| /src/Bismark-0.18.2/deduplicate_bismark -p --bam ${unsorted_bam} | /src/Bismark-0.18.2/deduplicate_bismark -p --bam ${unsorted_bam} | ||||
| outputdir= dirname ${unsorted_bam} | outputdir= dirname ${unsorted_bam} | ||||
| bam= "${sample}_R1_bismark_bt2_pe.deduplicated.bam" | |||||
| cp $outputdir/$bam ./ | |||||
| cd $outputdir | |||||
| >>> | >>> | ||||
| runtime { | runtime { | ||||
| docker:docker | docker:docker |
正在加载...