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+# 全基因组甲基化测序（WGBS）分析APP
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+## 安装指南
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+```
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+#激活choppy环境
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+source activate choppy-latest
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+#安装app
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+choppy install XXXX 
+
+```
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+## APP介绍
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+### 甲基化原理简述
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+全基因组亚硫酸氢盐测序用于研究基因粒度的DNA甲基化模式。 亚硫酸氢盐处理将胞嘧啶转化为尿嘧啶，但甲基化胞嘧啶不变。
+
+比对软件（如Bismark）将基因组序列转化之后进行比对。
+
+
+
+![img](file:///C:/Users/monster/Documents/My Knowledge/temp/bbfd4716-e9eb-4735-9f7c-948838adbb62/128/index_files/004e3e03-4e75-487f-8be6-fa7509f07930.png)
+
+### APP功能简述
+
+为了更好的分析全基因组甲基化数据，我们选用了目前最好的比对软件Bismark，构建了分析pipeline。用来提取全基因组的CpG，CHH,CHG甲基化模式信息。
+
+## 流程和参数
+
+### WGBS分析流程
+
+  ![img](file:///C:/Users/monster/Documents/My Knowledge/temp/bbfd4716-e9eb-4735-9f7c-948838adbb62/128/index_files/c5901b21-4df4-46c4-a68a-11cb11476af7.png)
+
+### 参数说明      
+
+```
+
+--clip_R1 <int> 从序列一的5'末端删除一段序列
+
+--clip_R2 <int> 从序列二的5'末端删除一段序列
+
+--three_prime_clip_R2 <int>从序列一的3'末端删除一段序列
+
+--three_prime_clip_R2 <int>从序列二的3'末端删除一段序列
+
+--paired pair-end序列
+
+--bowtie2 使用bowtie2的算法
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+-p 多线程
+
+
+
+## 输入和输出
+
+### 输入
+
+需要两个文件和一个样本名
+
+参考基因组及其索引文件，序列1和2，一个样本名字
+
+### 输出
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+#### 主要文件
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+在甲基化分析中最重要的就是CpG，CHH，CHG三种甲基化模式的测定。
+
+所以在输出中最重要的就是以下三个表明三种甲基化状态的文件。
+
+CpG_context_test_data_bismark_bt2.txt，CHG_context_test_data_bismark_bt2.txt，CHH_context_test_data_bismark_bt2.txt
+
+以CpG_context_test_data_bismark_bt2.txt为例
+
+```
+
+Bismark methylation extractor version v0.19.0
+SRR15024317_length=86   -       1       57798691        z
+SRR15024319_length=86    +       2       10166600        Z
+SRR15024331_length=86  +       11      77736289        Z
+SRR15024338_length=86  +       3       197272186       Z
+
+```
+
+第一行为Bismark的版本信息
+
+其余的，第一列为比对上的序列ID，第二列为基因组的正负链信息，第三列为染色体编号，第四列染色体上的位置，第5列为甲基化的C的状态。
+
+不同字母表明不同的甲基化状态：
+
+```
+
+X 代表CHG中甲基化的C
+x  代笔CHG中非甲基化的C
+H 代表CHH中甲基化的C
+h  代表CHH中非甲基化的C
+Z  代表CpG中甲基化的C
+z  代表CpG中非甲基化的C
+U 代表其他情况的甲基化C(CN或者CHN)
+u  代表其他情况的非甲基化C (CN或者CHN)
+
+```
+
+#### 补充文件
+
+上面的文件是methylation calling 最直接的证据，但是对于甲基化水平的定量来说，缺少了相关信息。运行bismark_methylation_extractor时，除了生成上述文件之外，还会有下列3个文件：
+
+```
+
+test_data_bismark_bt2_splitting_report.txt
+test_data_bismark_bt2.M-bias.txt
+test_data_bismark_bt2.M-bias_R1.png
+
+
+
+```
+
+
+
+##### test_data_bismark_bt2_splitting_report.txt
+
+记录了该样本甲基化的汇总信息
+
+```
+
+Final Cytosine Methylation Report
+Total number of C’s analysed:    40348
+Total methylated C’s in CpG context:    1365
+Total methylated C’s in CHG context:    21
+Total methylated C’s in CHH context:    103
+Total C to T conversions in CpG context:    678
+Total C to T conversions in CHG context:    10076
+Total C to T conversions in CHH context:    28105
+C methylated in CpG context:    66.8%
+C methylated in CHG context:    0.2%
+C methylated in CHH context:    0.4%
+
+```
+
+##### test_data_bismark_bt2.M-bias.txt
+
+定义了每一个甲基化位点的详细信息，`%methylation`就是我们定量常用的beta 值
+部分文件内容如下
+
+```
+
+CpG context
+position        count methylated        count unmethylated      % methylation   coverage
+1                     42                         13               76.36         55
+2                     31                          9               77.50         40
+
+```
+
+
+