linzipeng
преди 6 години
променени са 1 файла, в които са добавени 2 реда и са изтрити 1 реда
+ 2
- 1
tasks/Dedup.wdl
Целия файл
| @@ -11,7 +11,8 @@ task Dedup { | |||
| set -e | |||
| /src/Bismark-0.18.2/deduplicate_bismark -p --bam ${unsorted_bam} | |||
| outputdir= dirname ${unsorted_bam} | |||
| cd $outputdir | |||
| bam= ${sample}_R1_bismark_bt2_pe.deduplicated.bam | |||
| cp $outputdir/$bam ./ | |||
| >>> | |||
| runtime { | |||
| docker:docker | |||
Loading…