Author: Jun Shang

Email: shangjunv@163.com

Last Updates: 29/06/2020

Requirements

• choppy
• Ali-Cloud

$ source activate choppy/open-choppy-env
$ choppy install junshang/rnaseq-engineering:v0.1.0
$ choppy apps

quick start

$ choppy samples junshang/rnaseq-engineering:v0.1.0 > samples.csv
$ choppy batch junshang/rnaseq-engineering:v0.1.0 samples.csv -p Your_project_name

The samplec.csv looks like this:

sample_id	disk_size	read1	read2	pre_alignment_qc	qualimap_qc	trim_adapter
FDU_D5	200	oss://choppy-app-example-data/RNAseq/Downsampling_Quartet_RNAseqQC_12samples/Quartet_RNA_ILM_NovaSeq_RiboZero_FDU_D5_1_20190710_CleanData_R1_400k.gz	oss://choppy-app-example-data/RNAseq/Downsampling_Quartet_RNAseqQC_12samples/Quartet_RNA_ILM_NovaSeq_RiboZero_FDU_D5_1_20190710_CleanData_R2_400k.gz	false	true	true

• sample_id： 一般设置为文件输出前缀
• read1： R1 fastq 文件所在路径
• read2： R2 fastq 文件所在路径
• disk_size： 磁盘空间，每一步中间文件大小做调整
• pre_alignment_qc: 执行 fastqc 和 fastq screen 设置为 true，反之设置为 false
• qualimap_qc: 执行 qualimap bamqc 设置为 true，反之设置为 false
• trim_adapter: 使用 fastp 去 adapter 设置为 true，反之设置为 false

参考文献

APP 主要来自于 Quartet RNA-seq 标准流程