променени са 1 файла, в които са добавени 1 реда и са изтрити 1 реда
+ 1
- 1
tasks/qualimap.wdl
Целия файл
| @@ -12,7 +12,7 @@ task qualimap { | |||
| set -e | |||
| nt=$(nproc) | |||
| /opt/qualimap/qualimap bamqc -bam ${bam} -outformat HTML -nt $nt -outdir ${bamname}_bamqc --java-mem-size=32G | |||
| /opt/qualimap/qualimap rnaseq -bam ${bam} -outformat HTML -nt $nt -outdir ${bamname}_rnaseq -gtf ${gtf} -pe --java-mem-size=32G | |||
| /opt/qualimap/qualimap rnaseq -bam ${bam} -outformat HTML -outdir ${bamname}_rnaseq -gtf ${gtf} -pe --java-mem-size=32G | |||
| tar -zcf ${bamname}_bamqc_qualimap.tar.gz ${bamname}_bamqc | |||
| tar -zcf ${bamname}_rnaseq_qualimap.tar.gz ${bamname}_rnaseq | |||
Loading…