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tags/v0.1.0
stead99 il y a 4 ans
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révision
e4e128e747
1 fichiers modifiés avec 0 ajouts et 3 suppressions
  1. +0
    -3
      tasks/qualimap.wdl

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- 3
tasks/qualimap.wdl Voir le fichier

@@ -12,9 +12,7 @@ task qualimap {
set -e
nt=$(nproc)
/opt/qualimap/qualimap bamqc -bam ${bam} -outformat HTML -nt $nt -outdir ${bamname}_bamqc --java-mem-size=32G
/opt/qualimap/qualimap rnaseq -bam ${bam_percent} -outformat HTML -outdir ${bamname}_rnaseq -gtf ${gtf} -pe --java-mem-size=32G
tar -zcf ${bamname}_bamqc_qualimap.tar.gz ${bamname}_bamqc
tar -zcf ${bamname}_rnaseq_qualimap.tar.gz ${bamname}_rnaseq
>>>

@@ -27,6 +25,5 @@ task qualimap {

output {
File bamqc_gz="${bamname}_bamqc_qualimap.tar.gz"
File rnaseq_gz="${bamname}_rnaseq_qualimap.tar.gz"
}
}

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