revise samtools output · e14cb27a43 - Choppy for Reproducible Omics Pipeline

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			task qualimap {
		
				File bam
		
				File bai
		
				File gtf
		
				String bamname=basename(bam, ".sorted.bam")
		
				String bamname=basename(bam, ".bam")
		
				String docker
		
				String cluster
		
				String disk_size