Se han modificado 2 ficheros con 2 adiciones y 3 borrados
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tasks/hisat2.wdl
Ver fichero
| @@ -22,7 +22,6 @@ task hisat2 { | |||
| } | |||
| output { | |||
| File sam=sample_id + ".sam" | |||
| File unmapread_1p=sample_id + "_un.fq.1.gz" | |||
| File unmapread_2p=sample_id + "_un.fq.2.gz" | |||
| } | |||
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tasks/qualimap.wdl
Ver fichero
| @@ -10,8 +10,8 @@ task qualimap { | |||
| set -o pipefail | |||
| set -e | |||
| nt=$(nproc) | |||
| /opt/qualimap/qualimap bamqc -bam ${bam} -outformat HTML -nt $nt -outdir ${bamname}_bamqc --java-mem-size=32G | |||
| tar -zcf ${bamname}_bamqc_qualimap.tar.gz ${bamname}_bamqc | |||
| /opt/qualimap/qualimap bamqc -bam ${bam} -outformat HTML -nt $nt -outdir ${bamname} --java-mem-size=32G | |||
| tar -zcf ${bamname}_bamqc_qualimap.tar.gz ${bamname} | |||
| >>> | |||
| runtime { | |||
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