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README.md

+# 原始数据和比对数据的质量控制
+
+> Author：Shang Jun
+>
+> Email: shangjunv@163.com
+>
+> Date: 2020/12/15
+
+# APP 概述
+
+本 APP 包含了原始数据质量控制软件 FastQC 和 FastqScreen 和比对质量控制软件 Qualimap
+
+```bash
+# 1. 启动choppy
+open-choppy-env
+# 2. 安装APP
+choppy install junshang/fa_first_qc
+# 3. 获得choppy samples的csv文件
+choppy samples fa_first_qc-latest --output qc_samples
+# 4. 编辑samples文件
+# samples_id,inputSamplesFile
+# samples_id是choppy对workflow的编号，写阿拉伯数字就行
+# 即
+# 1,inputSamplesFile的阿里云地址
+# 5. 提交任务
+choppy batch fa_first_qc-latest --project-name <project_name>
+# 6. 查询任务
+choppy query -s <workflow_id>
+choppy query -s <workflow_id> -m
+```