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rna-seq-tophat
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RNA-seq pipeline with tophat2 + cufflinks + trimmomatic + fastqc
選択できるのは25トピックまでです。 トピックは、先頭が英数字で、英数字とダッシュ('-')を使用した35文字以内のものにしてください。
4 コミット
1 ブランチ
ツリー: ea3e9cefa8
ブランチ タグ
${ item.name }
ブランチ ${ searchTerm } を作成
'ea3e9cefa8' から
${ noResults }
stead99 ea3e9cefa8 revised 5年前
tasks revised 5年前
.gitignore First commit. 5年前
LICENSE.md First commit. 5年前
README.md First commit. 5年前
defaults revised 5年前
inputs revised 5年前
workflow.wdl First commit. 5年前

README.md

Arguments

# User Defined
read1: oss://pgx-storage-results/demo/Quartet-RNA-D5-3-test.clipped_R1.fastq.gz
read2: oss://pgx-storage-results/demo/Quartet-RNA-D5-3-test.clipped_R2.fastq.gz
baseout: Quartet-RNA-D5-3-test.clipped
idx_prefix: genome
genome_directory: oss://pgx-storage-results/yangjingcheng/reference/genome/
gtf: oss://pgx-storage-results/yangjingcheng/reference/genome/genes.gtf
adapter: oss://pgx-storage-results/yangjingcheng/reference/illumina_adapter/TruSeq3-PE.fa

# Default Value
fastqc_docker: registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/fastqc:v0.11.5
trimmomatic_docker: registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/trimmomatic:v0.3.8
tophat2_docker: registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/tophat2:2.0.14
cuffdiff2_docker: registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/cufflinks:v2.2.1