jingchengyang
/
rna-seq-tophat
Beobachten 1
Favorisieren 0
Fork 0
Code Issues 0 Pull-Requests 0 Releases 0 Wiki Aktivität
RNA-seq pipeline with tophat2 + cufflinks + trimmomatic + fastqc
Du kannst nicht mehr als 25 Themen auswählen Themen müssen entweder mit einem Buchstaben oder einer Ziffer beginnen. Sie können Bindestriche („-“) enthalten und bis zu 35 Zeichen lang sein.
55 Commits
1 Branch
Struktur: e1a20147f1
Branches Tags
${ item.name }
Erstelle Branch ${ searchTerm }
von „e1a20147f1“
${ noResults }
stead99 e1a20147f1 revise-tophat vor 5 Jahren
tasks revise-tophat vor 5 Jahren
.gitignore First commit. vor 5 Jahren
LICENSE.md First commit. vor 5 Jahren
README.md First commit. vor 5 Jahren
defaults revise-tophat vor 5 Jahren
inputs add-cluster vor 5 Jahren
workflow.wdl add-cluster vor 5 Jahren

README.md

Arguments

# User Defined
read1: oss://pgx-storage-results/demo/Quartet-RNA-D5-3-test.clipped_R1.fastq.gz
read2: oss://pgx-storage-results/demo/Quartet-RNA-D5-3-test.clipped_R2.fastq.gz
baseout: Quartet-RNA-D5-3-test.clipped
idx_prefix: genome
genome_directory: oss://pgx-storage-results/yangjingcheng/reference/genome/
gtf: oss://pgx-storage-results/yangjingcheng/reference/genome/genes.gtf
adapter: oss://pgx-storage-results/yangjingcheng/reference/illumina_adapter/TruSeq3-PE.fa

# Default Value
fastqc_docker: registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/fastqc:v0.11.5
trimmomatic_docker: registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/trimmomatic:v0.3.8
tophat2_docker: registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/tophat2:2.0.14
cuffdiff2_docker: registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/cufflinks:v2.2.1