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rna-seq-tophat
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RNA-seq pipeline with tophat2 + cufflinks + trimmomatic + fastqc
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1 Branch
Struktur: c3f9fdb90b
Branches Tags
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Erstelle Branch ${ searchTerm }
von „c3f9fdb90b“
${ noResults }
rna-seq-tophat/defaults

10 Zeilen
641B
Originalformat Blame Verlauf 

  1. {

  2.   "gtf": "oss://pgx-reference-data/reference/annotation/Homo_sapiens.GRCh38.93.gtf",

  3.   "genome_directory":"oss://pgx-reference-data/reference/tophat2",

  4.   "idx_prefix":"tophat2",

  5.   "adapter": "oss://pgx-reference-data/reference/illumina_adapter/TruSeq3-PE.fa",

  6.   "fastqc_docker": "registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/fastqc:v0.11.5",

  7.   "trimmomatic_docker": "registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/trimmomatic:v0.3.8",

  8.   "tophat2_docker": "registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/tophat2:2.0.14",

  9.   "cufflinks_docker": "registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/cufflinks:v2.2.1"

  10. }