jingchengyang
/
rna-seq-tophat
Obserwuj 1
Polub 0
Forkuj 0
Kod Zgłoszenia 0 Oczekujące zmiany 0 Wydania 0 Wiki Aktywność
RNA-seq pipeline with tophat2 + cufflinks + trimmomatic + fastqc
Nie możesz wybrać więcej, niż 25 tematów Tematy muszą się zaczynać od litery lub cyfry, mogą zawierać myślniki ('-') i mogą mieć do 35 znaków.
3 Commity
1 Gałąź
Drzewo: 2140187f1c
Gałęzie Tagi
${ item.name }
Utwórz gałąź ${ searchTerm }
z '2140187f1c'
${ noResults }
rna-seq-tophat/defaults

10 lines
559B
Czysty Wina Historia 

  1. {

  2.   "gtf": "oss://pgx-reference-data/reference/annotation/Homo_sapiens.GRCh38.93.gtf",

  3.   "genome_directory":"oss://pgx-reference-data/reference/tophat2/"

  4.   "idx_prefix":"tophat2"

  5.   "fastqc_docker": "registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/fastqc:v0.11.5",

  6.   "trimmomatic_docker": "registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/trimmomatic:v0.3.8",

  7.   "tophat2_docker": "registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/tophat2:2.0.14",

  8.   "cuffdiff2_docker": "registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/cufflinks:v2.2.1"

  9. 

  10. }