README

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@@ -41,30 +41,26 @@ choppy install huangyechao/wgs-germline
 
 ### 流程示意图
 
-![wgs-germline](../AppData/Roaming/Typora/draftsRecover/assets/wgs-germline-1549799119420.png)
+![wgs-germline](assets/wgs-germline.png)
 
 ### 参数说明
 #### 通用参数
 
-```bash
--t					程序运行的线程数
-ref_dir				参考基因组数据所在的目录
-fasta				参考基因组的名字
-sample				生成的结果文件的前缀名
--i					上一步骤的结果文件作为输入文件
--o					当前步骤的输出结果文件
--k					Known sites
-dbmills_dir			dbmills数据所在的目录
-dbmills				dbmills数据的名字
-
-docker				task运行时使用的docker镜像
-cluster_config		流程运行时使用的服务器的配置
-disk_size			流程运行时数据盘的大小
-```
-
-
-
-#### 步骤参数
+| -t             | 程序运行的线程数               |
+| -------------- | ------------------------------ |
+| ref_dir        | 参考基因组数据所在的目录       |
+| fasta          | 参考基因组的名字               |
+| sample         | 生成的结果文件的前缀名         |
+| -i             | 上一步骤的结果文件作为输入文件 |
+| -o             | 当前步骤的输出结果文件         |
+| -k             | Known sites                    |
+| dbmills_dir    | dbmills数据所在的目录          |
+| dbmills        | dbmills数据的名字              |
+| docker         | task运行时使用的docker镜像     |
+| cluster_config | 流程运行时使用的服务器的配置   |
+| disk_size      | 流程运行时数据盘的大小         |
+
+步骤参数
 
 **BWA-MEM**
 
@@ -72,14 +68,14 @@ disk_size			流程运行时数据盘的大小
 --fastq_1			测序数据的R1端
 --fastq_2			测序数据的R2端
 -K 10000000			该设置可用于比对过程中使得结果与线程数独立
--o					比对结果输出的文件名
+-o			比对结果输出的文件名
 ```
 
 **Dedup**
 
 ```bash
 --score_info		the location and filename of the temporary score output file
---metrics			the location and filename of the dedup metrics results output file
+--metrics		the location and filename of the dedup metrics results output file
 ```
 
 **Pre-dedup bam QC**
@@ -100,10 +96,10 @@ IS_METRIC_PDF		the location and filename of the insertion size metrics report ou
 **BQSR**
 
 ```bash
-RECAL_DATA.TABLE	 	the location and filename of the recalibration table
-RECAL_DATA.TABLE.POST	the location and filename of the temporary post recalibration table
+RECAL_DATA.TABLE		the location and filename of the recalibration table
+RECAL_DATA.TABLE.POST		the location and filename of the temporary post recalibration table
 RECAL_RESULT.CSV		the location and filename of the temporary recalibration results output file used for plotting
-BQSR_PDF				the location and filename of the BSQR results output file
+BQSR_PDF		the location and filename of the BSQR results output file
 ```
 
 **Haplotyper**