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tasks/qualimap.wdl
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| set -e | set -e | ||||
| nt=$(nproc) | nt=$(nproc) | ||||
| /opt/qualimap/qualimap bamqc -bam ${bam} -gff ${bed} -nt $nt -outdir ./ --java-mem-size=16G | /opt/qualimap/qualimap bamqc -bam ${bam} -gff ${bed} -nt $nt -outdir ./ --java-mem-size=16G | ||||
| zip -r qualimap.zip ./ | |||||
| tar -zcvf qualimap.zip ./ | |||||
| >>> | >>> | ||||
| runtime { | runtime { |
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