downsample/README.md

APP简介

本app用于从FASTQ文件中随机抽取N条read，生成down-sample后的FASTQ文件。

app仅接受以.fastq.gz或.fq.gz为结尾的文件，输出文件为GZIP压缩后的FASTQ文件（后缀名为.fastq.gz）

注意：

本app使用seqkit sample进行downsample，根据官方文件说明，downsample后的FASTQ文件的read数不一定严格等于down_to的目标。如：down_to=1000 时，可能最终获得的fastq中仅有991条read。

对此不能接受者，请不要使用本app。

安装指南

# 激活choppy环境
source activate choppy-pipe-0.3.8.dev0

# 安装 app
choppy install chenziyin/downsample

快速使用

准备样本描述文件：samples.csv

需要包括3列：

• sample_id：每个样本唯一的ID
• fastq：原始fastq地址
• down_to：downsample后目标read数

样表如下：

sample_id	fastq	down_to
test	oss://choppy-app-example-data/miRNAseq/test_10k_NEXTflex.fastq.gz	1000

批量提交任务

choppy batch chenziyin/downsample-latest <SAMPLES_CSV> --project-name <PROJECT_NAME> 

使用的软件及版本：

• Seqkit: 0.12.0