chenqingwang
/
fastp_suppa2
форк від biochenglinliu/fastp_suppa2
Слідкувати 1
В обрані 0
Форк 0
Код Проблеми 0 Запити на злиття 0 Релізи 0 Вікі Активність
Ви не можете вибрати більше 25 тем Теми мають розпочинатися з літери або цифри, можуть містити дефіси (-) і не повинні перевищувати 35 символів.
4 Коміти
1 Гілка
Дерево: dda9b301ca
Гілки Теги
${ item.name }
Створити гілку ${ searchTerm }
з 'dda9b301ca'
${ noResults }
fastp_suppa2/defaults

27 lines
1.1KB
Неформатований Blame Історія 

  1. {   

  2.     "suppa2_GTF":"oss://pgx-reference-data/reference/suppa2/gencode.v37.annotation.gtf",

  3.     "suppa2_ioe":"oss://pgx-reference-data/reference/suppa2/gencode.v37.all.events.ioe",

  4.     "salmon_index":"oss://pgx-reference-data/reference/suppa2/gencode.v37.transcripts.salmon.index/",

  5.     "suppa2_docker":"registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/suppa:2.3",

  6.     "suppa2_cluster":"OnDemand bcs.b2.3xlarge img-ubuntu-vpc",

  7.     "disk_size":"200",

  8.     "fastp_docker":"registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/fastp:0.19.6",

  9.     "fastp_cluster":"OnDemand bcs.b2.3xlarge img-ubuntu-vpc",

  10.     "trim_front1":"0",

  11.     "trim_tail1":"0",

  12.     "max_len1":"0",

  13.     "trim_front2":"0",

  14.     "trim_tail2":"0",

  15.     "max_len2":"0",

  16.     "adapter_sequence":"AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA",

  17.     "adapter_sequence_r2":"AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT",

  18.     "disable_adapter_trimming":"0",

  19.     "length_required":"50",

  20.     "length_required1":"20",

  21.     "UMI":"0",

  22.     "umi_len":"0",

  23.     "umi_loc":"umi_loc",

  24.     "qualified_quality_phred":"20",

  25.     "disable_quality_filtering":"1"

  26. }