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25 linhas
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  1. task BAMReadCount {
  2. String sample_id
  3. File reference
  4. File bedfile
  5. File bamfile
  6. String docker
  7. String cluster_config
  8. String disk_size
  9. command <<<
  10. bam-readcount -f ${reference} -l ${bedfile} ${bamfile} > ${sample_id}.readcount
  11. >>>
  12. runtime {
  13. docker: docker
  14. cluster: cluster_config
  15. systemDisk: "cloud_ssd 40"
  16. dataDisk: "cloud_ssd " + disk_size + " /cromwell_root/"
  17. }
  18. output {
  19. File BAMReadCount = "${sample_id}.readcount"
  20. }
  21. }