task samtools { | |||||
File bam_file | |||||
String bam_id = basename(bam_file) | |||||
String docker | |||||
String cluster | |||||
String disk_size | |||||
command <<< | |||||
set -o pipefail | |||||
set -e | |||||
samtools index ${bam_file} | |||||
>>> | |||||
runtime { | |||||
docker: docker | |||||
cluster: cluster | |||||
systemDisk: "cloud_ssd 40" | |||||
dataDisk: "cloud_ssd " + disk_size + " /cromwell_root/" | |||||
} | |||||
output { | |||||
File bam_index = "$(bam_id).bai" | |||||
} | |||||
} |