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chenqingwang 4 anni fa
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bd9296e711
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    -0
      tasks/samtools.wdl

+ 29
- 0
tasks/samtools.wdl Vedi File

task samtools {
File bam_file
String bam_id = basename(bam_file)

String docker
String cluster
String disk_size


command <<<
set -o pipefail
set -e

samtools index ${bam_file}

>>>

runtime {
docker: docker
cluster: cluster
systemDisk: "cloud_ssd 40"
dataDisk: "cloud_ssd " + disk_size + " /cromwell_root/"
}

output {
File bam_index = "$(bam_id).bai"
}

}

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