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tasks/spladder.wdl
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| task spladder { | task spladder { | ||||
| String sample_id | String sample_id | ||||
| File bam_file | |||||
| File bam | |||||
| File reference_gtf_file | File reference_gtf_file | ||||
| mkdir -p ${sample_id}/spladder_out | mkdir -p ${sample_id}/spladder_out | ||||
| spladder build --bams ${bam_file} \ | |||||
| spladder build --bams ${bam} \ | |||||
| --annotation ${reference_gtf_file} \ | --annotation ${reference_gtf_file} \ | ||||
| --outdir ${sample_id}/spladder_out | --outdir ${sample_id}/spladder_out | ||||
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