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tasks/spladder.wdl
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| spladder build --bams ${bam} \ | spladder build --bams ${bam} \ | ||||
| --annotation ${reference_gtf_file} \ | --annotation ${reference_gtf_file} \ | ||||
| --ignore-mismatches \ | |||||
| --outdir ${sample_id}/spladder_out | --outdir ${sample_id}/spladder_out | ||||
| find . -depth > fileList.txt | find . -depth > fileList.txt |
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