For RNA-seq data, from bams to AS Information files.
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workflow.wdl 732B

4 anos atrás
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  1. import "./tasks/spladder.wdl" as spladder
  2. import "./tasks/samtools.wdl" as samtools
  3. workflow {{ project_name }} {
  4. String sample_id
  5. File bam_file
  6. File reference_gtf_file
  7. String spladder_docker
  8. String spladder_cluster
  9. String samtools_docker
  10. String samtools_cluster
  11. String disk_size
  12. call samtools.samtools as samtools {
  13. input:
  14. docker = samtools_docker,
  15. cluster = samtools_cluster,
  16. sample_id = sample_id,
  17. bam_file = bam_file,
  18. disk_size = disk_size
  19. }
  20. call spladder.spladder as spladder {
  21. input:
  22. reference_gtf_file = reference_gtf_file,
  23. sample_id = sample_id,
  24. bam_file = samtools.bam,
  25. docker = spladder_docker,
  26. cluster = spladder_cluster,
  27. disk_size = disk_size
  28. }
  29. }