For RNA-seq data, from bams to AS Information files.
Vous ne pouvez pas sélectionner plus de 25 sujets Les noms de sujets doivent commencer par une lettre ou un nombre, peuvent contenir des tirets ('-') et peuvent comporter jusqu'à 35 caractères.

samtools.wdl 551B

123456789101112131415161718192021222324252627
  1. task samtools {
  2. File bam_file
  3. String bam_id=basename(bam_file)
  4. String docker
  5. String cluster
  6. String disk_size
  7. command <<<
  8. samtools index --help
  9. samtools index -b ${bam_file} > ./${bam_id}.bai
  10. cp ${bam_file} ./
  11. >>>
  12. runtime {
  13. docker: docker
  14. cluster: cluster
  15. systemDisk: "cloud_ssd 40"
  16. dataDisk: "cloud_ssd " + disk_size + " /cromwell_root/"
  17. }
  18. output {
  19. File bam="${bam_id}"
  20. File bam_index="${bam_id}.bai"
  21. }
  22. }