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tasks/spladder_quantification.wdl
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| cat ${samples} | while read a; do ls ${sample_id}/spladder_out/spladder/ | grep $a; done >> pickle.txt | cat ${samples} | while read a; do ls ${sample_id}/spladder_out/spladder/ | grep $a; done >> pickle.txt | ||||
| ln -s ${merge_graphs} ${sample_id}/spladder_out/spladder/ | ln -s ${merge_graphs} ${sample_id}/spladder_out/spladder/ | ||||
| mount -o remount rw / | |||||
| nt=$(nproc) | nt=$(nproc) | ||||
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