更新 'tasks/spladder.wdl' · 965c88fe3b - Choppy for Reproducible Omics Pipeline

更新 'tasks/spladder.wdl'

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chenqingwang 3 年前

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								- 2
							
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															        set -e
															
															        set -e
														
															        mkdir -p ${sample_id}/spladder_out
															
															        mkdir -p ${sample_id}/spladder_out
														
															        sed ':a ; N;s/\n/,/ ; t a ; ' ${bam} > alignment.txt
															
															        echo ${bam} > bam.txt
														
															        sed ':a ; N;s/\n/,/ ; t a ; ' bam.txt > alignment.txt
														
															        for i in ${sep=" " pickle}
															
															        for i in ${sep=" " pickle}
														
																	do
															
																	do