更新 'tasks/spladder.wdl'

tasks/spladder.wdl

@@ -18,7 +18,7 @@ task spladder {
 
         mkdir -p ${sample_id}/spladder_out
 
-        sed ':a ; N;s/\n/,/ ; t a ; ' bam > alignment.txt
+        sed ':a ; N;s/\n/,/ ; t a ; ' ${bam} > alignment.txt
         
         for i in ${sep=" " pickle}
 		do