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更新 'tasks/spladder_merge.wdl'

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chenqingwang vor 4 Jahren
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db16b3f446
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      tasks/spladder_merge.wdl

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tasks/spladder_merge.wdl Datei anzeigen

@@ -21,14 +21,16 @@ task spladder_merge {
ln -s ${pickle}/*.pickle ${sample_id}/spladder_out/spladder/
ls ${sample_id}/spladder_out/spladder/ >> pickle.txt
# spladder build -o ${sample_id}/spladder_out \
# nt=$(nproc)
# spladder build -o ${sample_id}/spladder_out \
# --annotation ${reference_gtf_file} \
# --bams alignment.txt \
# --confidence 2 \
# --merge-strat merge_graphs \
# --validate-sg \
# --readlen 150 \
# --parallel 4 \
# --parallel $nt \
# --event-types exon_skip,intron_retention,alt_3prime,alt_5prime,mutex_exons,mult_exon_skip
find . -depth > fileList.txt

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