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更新 'tasks/spladder_merge.wdl'

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chenqingwang 3 年前
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@@ -27,14 +27,14 @@ task spladder_merge {
nt=$(nproc)
# spladder build -o ${sample_id}/spladder_out \
# --annotation ${reference_gtf_file} \
# --bams alignment.txt \
# --confidence 2 \
# --merge-strat merge_graphs \
# --readlen 150 \
# --parallel $nt \
# --event-types exon_skip
spladder build -o ${sample_id}/spladder_out \
--annotation ${reference_gtf_file} \
--bams alignment.txt \
--confidence 2 \
--merge-strat merge_graphs \
--readlen 150 \
--parallel $nt \
--event-types exon_skip
find . -depth > fileList.txt
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