更新 'README.md'

README.md

@@ -1,12 +1,12 @@
-# RNA Sequencing Quality Control Pipeline
+# RNA Sequencing Upstream Pipeline
 
-> Author:  Li Zhihui
+> Author:  Li Zhihui; Qingwang Chen
 >
-> E-mail：18210700119@fudan.edu.cn
+> E-mail：18210700119@fudan.edu.cn; 20110700030@fudan.eu.cn
 >
 > Git: http://choppy.3steps.cn/renluyao/RNAseq_germline_datapotal.git
 >
-> Last Updates: 2020/08/23
+> Last Updates: 2021/11/15
 
 ## 安装指南
 
@@ -14,17 +14,13 @@
 # 激活choppy环境
 source activate choppy
 # 安装app
-choppy install lizhihui/quartet-rnaseq-qc
+choppy install chenqingwang/RNAseq-qc-directional
 
 ```
 
-## App概述——中华家系1号标准物质介绍
+## App概述
 
-​		建立高通量转录组测序的生物计量和质量控制关键技术体系，是保障转录组测序数据跨技术平台、跨实验室可比较、相关研究结果可重复、数据可共享的重要关键共性技术。建立国家转录组标准物质和基准数据集，突破基因组学的生物计量技术，是将测序技术转化成临床应用的重要环节与必经之路，目前国际上尚属空白。中国计量科学研究院与复旦大学、复旦大学泰州健康科学研究院共同研制了人源中华家系1号基因组标准物质（**Quartet，一套4个样本，编号分别为LCL5，LCL6，LCL7，LCL8，其中LCL5和LCL6为同卵双胞胎女儿，LCL7为父亲，LCL8为母亲**），以及相应的全基因组测序序列基准数据集（“量值”），为衡量基因序列检测准确与否提供一把“标尺”，成为保障基因测序数据可靠性的国家基准。人源中华家系1号转录组标准物质来源于泰州队列同卵双生双胞胎家庭，从遗传结构上体现了我国南北交界的人群结构特征，同时家系的设计也为“量值”的确定提供了遗传学依据。
 
-​		中华家系1号RNA标准物质通过21个批次RNA标准物质的测序，整合集成了参考数据集，从而建立了一些依赖参考的质量控制指标。
-
-​		在原始数据及比对数据层面，我们关注了数据量、GC含量、污染情况、比对率、比对位置分布等对测序可能会产生影响的指标，通过计算观察这些指标，我们可以一定程度上了解测序数据的质量。在测序数据表达情况层面，分别在定性和定量层面对基因检测表达水平进行了多角度的评价。通过从10个方面评估21个数据集的数据质量后我们构建了基于高置信度的已检测、未检测基因集、差异表达基因等参考数据集。通过这些指标，我们可以对新产生的测序数据进行合理的评价。
 
 ​		该Quality_control APP用于转录组测序（RNA Sequencing，RNA-Seq）数据的质量评估，包括原始数据及比对数据质控和基因表达数据质控。