Selaa lähdekoodia

更新 'tasks/hisat2.wdl'

master
chenqingwang 3 vuotta sitten
vanhempi
commit
d28238283f
1 muutettua tiedostoa jossa 13 lisäystä ja 1 poistoa
  1. +13
    -1
      tasks/hisat2.wdl

+ 13
- 1
tasks/hisat2.wdl Näytä tiedosto

command <<< command <<<
nt=$(nproc) nt=$(nproc)
hisat2 -t -p $nt -x ${idx}/${idx_prefix} --pen-cansplice ${pen_cansplice} --pen-noncansplice ${pen_noncansplice} --pen-intronlen ${pen_intronlen} --min-intronlen ${min_intronlen} --max-intronlen ${max_intronlen} --maxins ${maxins} --minins ${minins} --rna-strandness RF --un-conc-gz ${sample_id}_un.fq.gz -1 ${Trim_R1} -2 ${Trim_R2} -S ${sample_id}.sam
hisat2 -t -p $nt \
-x ${idx}/${idx_prefix} \
--pen-cansplice ${pen_cansplice} \
--pen-noncansplice ${pen_noncansplice} \
--pen-canintronlen ${pen_intronlen} \
--min-intronlen ${min_intronlen} \
--max-intronlen ${max_intronlen} \
--maxins ${maxins} --minins ${minins} \
--rna-strandness RF \
--un-conc-gz ${sample_id}_un.fq.gz \
-1 ${Trim_R1} \
-2 ${Trim_R2} \
-S ${sample_id}.sam
>>> >>>
runtime { runtime {

Loading…
Peruuta
Tallenna