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更新 'tasks/qualimapRNAseq.wdl'

master
chenqingwang 3 년 전
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      tasks/qualimapRNAseq.wdl

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set -o pipefail set -o pipefail
set -e set -e
nt=$(nproc) nt=$(nproc)
/opt/qualimap/qualimap rnaseq -bam ${bam} -outformat HTML -outdir ${bamname}_RNAseq -gtf ${gtf} -pe --java-mem-size=10G
tar -zcvf ${bamname}_RNAseq_qualimap.zip ${bamname}_RNAseq
/opt/qualimap/qualimap rnaseq -bam ${bam} -outformat HTML -outdir ${bamname}_RNAseq -gtf ${gtf} -pe --java-mem-size=32G
tar -zcvf ${bamname}_RNAseq_qualimap.tar.gz ${bamname}_RNAseq
>>> >>>


} }


output { output {
File rnaseq_zip = "${bamname}_RNAseq_qualimap.zip"
File rnaseq_zip = "${bamname}_RNAseq_qualimap.tar.gz"
} }
} }

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