from fastq to bam files
Du kan inte välja fler än 25 ämnen Ämnen måste starta med en bokstav eller siffra, kan innehålla bindestreck ('-') och vara max 35 tecken långa.

README.md 1.1KB

3 år sedan
3 år sedan
3 år sedan
3 år sedan
3 år sedan
3 år sedan
3 år sedan
3 år sedan
3 år sedan
3 år sedan
3 år sedan
3 år sedan
1234567891011121314151617181920212223242526272829303132333435363738394041424344
  1. # RNA Sequencing Alignment Pipeline
  2. > Author: Li Zhihuil; Qingwang Chen
  3. >
  4. > E-mail:qwchen20@fudan.edu.cn
  5. >
  6. > Git: http://choppy.3steps.cn/renluyao/RNAseq_germline_datapotal.git
  7. >
  8. > Last Updates: 2020/12/02
  9. Brief Introduction
  10. For RNA-seq data, from bams to AS Information files.
  11. Requirements
  12. choppy
  13. Ali-Cloud
  14. Linux
  15. # 激活choppy环境
  16. $ source activate choppy (open-choppy-env)
  17. # 第一次安装
  18. $ choppy install chenqingwang/RNAseq-alignment
  19. # 非第一次安装
  20. $ choppy install chenqingwang/RNAseq-alignment -f
  21. # 查询已安装APP
  22. $ choppy apps
  23. Quick Start
  24. # 准备 samples.csv 文件
  25. $ choppy samples chenqingwang/RNAseq-alignment-latest > samples.csv
  26. # 准备无默认参数的samples.csv 文件
  27. choppy samples --no-default chenqingwang/RNAseq-alignment-latest > samples.csv
  28. # 提交任务
  29. $ choppy batch chenqingwang/RNAseq-alignment-latest samples.csv -p Your_project_name -l Your_label
  30. # 查询任务运行状况
  31. $ choppy query -L Your_label | grep "status"
  32. # 查询失败任务
  33. $ choppy search -s Failed -p Your_project_name -u chenqingwang --short-format
  34. # 结果文件地址
  35. $ oss://choppy-cromwell-result/test-choppy/Your_project_name/