chenhaonan
/
quartet_dna_quality_control_wgs_big_pipeline
форк від renluyao/quartet_dna_quality_control_wgs_big_pipeline
Слідкувати 0
В обрані 0
Форк 0
Код Проблеми 0 Запити на злиття 0 Релізи 1 Вікі Активність
Ви не можете вибрати більше 25 тем Теми мають розпочинатися з літери або цифри, можуть містити дефіси (-) і не повинні перевищувати 35 символів.
2 Коміти
1 Гілка
Дерево: 515e80d0d6
Гілки Теги
${ item.name }
Створити гілку ${ searchTerm }
з '515e80d0d6'
${ noResults }
quartet_dna_quality_control.../defaults

39 lines
2.0KB
Неформатований Blame Історія 

  1. {

  2.   "benchmarking_dir": "oss://pgx-result/renluyao/manuscript_v3.0/reference_datasets_v202103/",

  3.   "vcf_F7": "",

  4.   "SENTIEON_INSTALL_DIR": "/opt/sentieon-genomics",

  5.   "vcf_M8": "",

  6.   "fasta": "GRCh38.d1.vd1.fa",

  7.   "BENCHMARKdocker": "registry-vpc.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/rtg-hap:latest",

  8.   "vcf_D6": "",

  9.   "dbsnp_dir": "oss://pgx-reference-data/GRCh38.d1.vd1/",

  10.   "BEDTOOLSdocker": "registry-internal.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/bedtools:v2.27.1",

  11.   "disk_size": "500",

  12.   "FASTQCdocker": "registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/fastqc:0.11.8",

  13.   "MULTIQCdocker": "registry-vpc.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/multiqc:v1.8",

  14.   "fastq_2_M8": "",

  15.   "fastq_1_M8": "",

  16.   "SMALLcluster_config": "OnDemand bcs.ps.g.xlarge img-ubuntu-vpc",

  17.   "screen_ref_dir": "oss://pgx-reference-data/fastq_screen_reference/",

  18.   "fastq_1_D5": "",

  19.   "dbmills_dir": "oss://pgx-reference-data/GRCh38.d1.vd1/",

  20.   "BIGcluster_config": "OnDemand bcs.a2.7xlarge img-ubuntu-vpc",

  21.   "fastq_screen_conf": "oss://pgx-reference-data/fastq_screen_reference/fastq_screen.conf",

  22.   "fastq_2_D5": "",

  23.   "FASTQSCREENdocker": "registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/fastqscreen:0.12.0",

  24.   "fastq_2_F7": "",

  25.   "SENTIEON_LICENSE": "192.168.0.55:8990",

  26.   "fastq_1_D6": "",

  27.   "fastq_1_F7": "",

  28.   "SENTIEONdocker": "registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/sentieon-genomics:v2019.11.28",

  29.   "QUALIMAPdocker": "registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/qualimap:2.0.0",

  30.   "vcf_D5": "",

  31.   "benchmark_region": "oss://pgx-result/renluyao/manuscript_v3.0/reference_datasets_v202103/Quartet.high.confidence.region.v202103.bed",

  32.   "db_mills": "Mills_and_1000G_gold_standard.indels.hg38.vcf",

  33.   "dbsnp": "dbsnp_146.hg38.vcf",

  34.   "MENDELIANdocker": "registry-vpc.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/vbt:v1.1",

  35.   "fastq_2_D6": "",

  36.   "DIYdocker": "registry-vpc.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/high_confidence_call_manuscript:v1.4",

  37.   "ref_dir": "oss://pgx-reference-data/GRCh38.d1.vd1/"

  38. }