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tasks/starfusion.wdl
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| STAR-Fusion --genome_lib_dir ${database_dir} \ | STAR-Fusion --genome_lib_dir ${database_dir} \ | ||||
| --left_fq ${fastq1} \ | --left_fq ${fastq1} \ | ||||
| --right_fq ${fastq2} \ | --right_fq ${fastq2} \ | ||||
| --CPU 4 \ | |||||
| --CPU 16 \ | |||||
| --output_dir ${sample_id}/output \ | --output_dir ${sample_id}/output \ | ||||
| --FusionInspector validate \ | --FusionInspector validate \ | ||||
| --examine_coding_effect | --examine_coding_effect |
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